หลักฐานที่แสดงให้เห็นชัดที่สุดว่าพระเจ้าอู่ทองควรจะสืบเชื้อสายมาจากลพบุรี คือ งานศิลปกรรมในสมัยอยุธยาตอนตันที่มีอิทธิพลของศิลปะลพบุรีอยู่มาก เช่น เจดีย์ทรงปรางค์ที่วัดมหาธาตุและวัดราชบูรณะซึ่งมีลักษณะแผนผังของวัดและตัวปรางค์ คล้ายกับปรางค์ที่วัดพระศรีรัตนมหาธาตุลพบุรี พระพุทธรูปมีพระพักตร์คล้ายกับประติมากรรมขอม และระบบการปกครองก็มีอิทธิพลของวัฒนธรรมเขมรอย่างเห็นได้ชัด เช่น ระบบเทวราชา

           นอกจากนี้บริเวณเมืองอยุธยา ยังมีแม่น้ำป่าสักที่มีไหลผ่านเมืองศรีเทพที่เป็นแหล่งวัฒนธรรมสมัยทวารวดีที่สำคัญ และแม่น้ำลพบุรี แม่น้ำทั้ง ๓ สายนี้สามารถใช้เป็นเส้นทางคมนาคมกับเมืองที่มีความเจริญซึ่งอยู่ทางเหนือขึ้นไป เช่น อาณาจักรสุโขทัย หริภุญไชย ล้านนา และเมืองเล็กเมืองน้อยอีกมากมาย จึงสันนิษฐานได้ว่าพื้นที่บริเวณเมืองอยุธยานี้คงเคยเจริญภายใต้วัฒนธรรมทวารวดีมาก่อน

           เนื่องจากสภาพภูมิศาสตร์พื้นที่บริเวณเมืองอยุธยาเป็นดินดอนสามเหลี่ยม ปากแม่น้ำ และจะมีน้ำจากทางเหนือท่วมไหลลงมาท่วมทุกปีซึ่งน้ำจะได้พัดเอาตะกอนอันอุดม สมบูรณ์ลงมาด้วย พื้นที่บริเวณเมืองอยุธยาจึงเป็นพื้นที่ที่มีความอุดมสมบูรณ์เหมาะแก่การ เพาะปลูก และพื้นที่บริเวณเมืองอยุธยาคงเป็นเมืองท่าและจุดแวะพักสินค้าด้วย เนื่องจากมีแม่น้ำเจ้าพระยาที่ไหลลงสู่อ่าวไทยไหลผ่าน จึงทำให้ต่อมาได้มีพัฒนาการความเจริญจนเริ่มมีความเป็นเมือง สันนิษฐานว่าคงเมืองอยุธยาอาจเจริญขึ้นในช่วงทวารวดีตอนปลายแล้วดังพบหลักฐานทางศิลปกรรมคือเจดีย์วัดขุนใจเมือง ซึ่งมีลักษณะศิลปะและการก่อสร้างแบบศิลปะทวารวดี คือ เป็นเจดีย์ก่ออิฐไม่สอปูนองค์สูงใหญ่ เจดีย์องค์นี้ตั้งอยู่บริเวณถนนใหญ่ในตัวเกาะอยุธยา

           และเมืองอยุธยาในช่วงแรกคงเจริญภายใต้อิทธิพลอำนาจของเมืองลพบุรี โดยอาจเป็นเมืองลูกหลวงดังมีข้อความปรากฏในตำนานมูลศาสนาว่า “เมืองรามเป็นเมืองลูกหลวงของเมืองละโว้” เมืองรามนี้สันนิษฐานว่าคงเป็นเมืองอโยธยาหรืออยุธยานั่นเอง ต่อมาเมืองลพบุรีได้รับอิทธิพลทางการเมืองจากอาณาจักรเขมร โดยเฉพาะอย่างยิ่งอย่างยิ่งในสมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ หรือ พุทธศตวรรษที่ ๑๖-๑๗ เมืองอยุธยาก็คงต้องได้รับอิทธิพลจากวัฒนธรรมเขมรด้วยแน่นอน ถึงแม้ว่าใน พุทธศตวรรษที่ ๑๘ จะมีการกำเนิดของอาณาจักรสุโขทัย กษัตริย์และผู้คนบริเวณเมืองลพบุรีก็คงมิได้หายไปไหน จึงอาจเป็นไปได้ว่ากษัตริย์จากเมืองลพบุรี อาจย้ายศูนย์กลางเมืองจากลพบุรีมาอยู่บริเวณเมืองอยุธยาในปัจจุบัน โดยสันนิษฐานว่าอาจเพื่อหลีกเลี่ยงการปะทะกับอำนาจของอาณาจักรสุโขทัยและ อยากได้เมืองใหม่ที่มีชัยภูมิที่ดีกว่านี้

           กษัตริย์ลพบุรีองค์ที่คิดย้ายนี้ก็อาจเป็นต้นวงศ์พระเจ้าอู่ทอง โดยเมืองที่ย้ายมาระยะแรกกระจายตัวอยู่สองข้างของแม่น้ำเจ้าพระยา ดังพบหลักฐานการอยู่อาศัยที่มีอายุก่อน พ.ศ. ๑๘๙๓ เช่น มีการสร้างพระเจ้าพนัญเชิงซึ่งพระพุทธรูปขนาดใหญ่ในปีพ.ศ. ๑๘๖๗ สามารถวิเคราะห์ได้ว่าวัดที่พระเจ้าพนัญเชิงประดิษฐานอยู่คงเป็นวัดขนาดใหญ่ จึงสะท้อนให้เห็นถึงการมีชุมชนขนาดใหญ่ในบริเวณนี้และคงเป็นชุมชนที่มีการ อยู่อาศัยก่อน ปี พ.ศ. ๑๘๙๓ แต่พื้นที่รอบบริเวณสองฝั่งของแม่น้ำเจ้าพระยาในหน้าน้ำ จะเกิดน้ำท่วมเป็นประจำทุกปี ทำให้กษัตริย์พระองค์หนึ่งมีการคิดที่จะสร้างศูนย์กลางของเมืองใหม่ กษัตริย์พระองค์นั้นอาจเป็นสมัยพระเจ้าอู่ทอง ซึ่งพระองค์ก็ได้เลือกพื้นที่บริเวณเมืองอยุธยานี้มาสร้างกรุงศรีอยุธยาแล้ว สถาปนาตัวเองในชื่อว่าสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑  อาณาจักรอยุธยาหรืออโยธยาศรีรามเทพนคร หากพิจารณาจากพื้นที่บริเวณที่เป็นเกาะเมืองอยุธยาที่พระเจ้าอู่ทอง หรือสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ทรงเลือกสร้างอาณาจักรอยุธยาที่มีความมั่นคงและใหญ่โต

           ในส่วนของการขุดค้นทางโบราณคดีเห็นว่า ควรมีการขุดค้นที่บริเวณสองข้างของแม่น้ำทั้ง ๓ สายที่ไหลผ่านเมืองอยุธยา และบริเวณพื้นที่จุดที่แม่น้ำเจ้าพระยา และแม่น้ำป่าสักไหลมาบรรจบกัน เนื่องจากบริเวณนี้มีงานศิลปกรรมคือพระประธานที่วัดพนัญเชิงที่ มีอายุการก่อสร้างปี พ.ศ. ๑๘๖๗ ซึ่งเก่ากว่าปีพ.ศ.ที่สถาปนากรุงศรีอยุธยา เพื่อหาข้อมูลการตั้งถิ่นฐานของกลุ่มชนก่อนการสถาปนากรุงศรีอยุธยา เพื่อมาสนับสนุนข้อสันนิษฐานข้างต้นที่กล่าวมานี้

           จึงอาจสรุปได้ว่า กรุงศรีอยุธยาคงมีพัฒนาการทางสังคมความเจริญถึงระดับความเป็นเมืองก่อนปี พ.ศ. ๑๘๙๓ แน่นอน และเป็นเมืองที่อยู่ภายใต้อิทธิพลทางการเมืองของเมืองลพบุรีด้วย ในช่วงแรกสันนิษฐานว่าศูนย์กลางเมืองอาจอยู่บริเวณวัดพนัญเชิง หรือพุทไธสวรรค์ แล้วต่อมาในปี พ.ศ. ๑๘๙๓ คงเป็นเพียงปีที่พระเจ้าอู่ทองย้ายศูนย์กลางของเมืองหรือย้ายพระราชวังดังความเห็นของอ.ศรีศักร วัลลิโภดม ก็เป็นได้